Гістохімічні методи дослідження дають можливість визначити певні речовини (білки, нуклеїнові кислоти, жири, вуглеводи та мінеральні речовини), їх локалізацію в органах, тканинах, їх кількість. Для виявлення певного класу речовин проводять попередні реакції. Так, для ідентифікації білків використовують реакцію з динітрофторбензолом; вуглеводів – ШИК-реакція; нуклеїнових кислот – фарбування метиловим зеленим-піроніном; ліпідів – фарбування суданом чорним. У разі позитивних реакцій проводять специфічні методи для уточнення хімічного складу.
Виявлення нейтральних жирів суданом ІІІ. Для проведення фарбування матеріал ущільнюють желатином та готують зрізи на заморожувальному мікротомі. Зрізи переносять в етанол, після фарбують суданом ІІІ. Після фарби зрізи знову переносять до етанолу , промивають та дофарбовують гематоксиліном Караці. Перед заведенням зріза у гліцериновий гель його знову промивають. При мікроскопічному дослідженні гістопрепарату пофарбованого суданом ІІІ знаходять відкладення нейтрального жиру помаранчевого кольору та жовті фосфоліпіди.
Виявлення глюкопротеїдів за допомогою ШИК-реакції. Депарафіновані зрізи окисляють у водному розчині йодної кислоти, промивають та переносять у реактив Шиффа. Після фарбування зрізи промивають, зневоднюють, просвітлюють та заводять у бальзам. При мікроскопічному дослідженні гістопрепарату пофарбованого реактивом Шиффа знаходять мукоїдні речовини, що містять гексозу червоно-бузкового кольору та інтенсивно забарвлені у червоний колір гранули глікогену.
Виявлення заліза за Перлсом. Зрізи поміщають у суміш жовтої кров’яної солі і хлористоводневої кислоти. Промивають. Дофарбовують в галуновому карміні Гренахера. Промивають, зневоднюють, просвітлюють, заводять у канадський бальзам. При мікроскопічному дослідженні гістопрепарату пофарбованого за Перлсом знаходять пігменти, що містять залізо блакитного кольору та червоні ядра.
Виявлення кальцію за Косса. Зрізи промивають та занурюють у розчин срібла нітрату на 20 – 60 хвилин під сонячним світлом. Срібла сульфід у вигляді чорного кольору визначає місце локалізації кальцію.
Виявлення амілоїду. Амілоїд – складна сполука, до складу якої входять білки і полісахариди. Амілоїд утворюється при порушені білкового обміну тканин. Суттю гістохімічного виявлення амілоїду є реакція метахромазії. Метахромазія – властивість тканин набувати інший колір ніж барвник. Для виявлення амілоїду застосовують генціанвіолет, метилвіолет, конгорот. При застосуванні 1% розчину генціанвіолет амілоїд зафарбовується в рожево-червоний колір, тканина в синій.