У разі наявності солей вапна після фіксації проводять декальцинацію, так як наявність солей вапна створює твердість органів, що перешкоджає виготовленню зрізів.
Декальцинацію проводять зразу після фіксації. Витяг солей вапна з мінералізованих тканин відбувається як наслідок взаємодії слабких розчинів кислот з іонами кальцію. Для декальцинації застосовують азотну, хлористоводневу, оцтову, мурашину кислоти, вуглекислий літій, а також рідини Ебнера, Ріхмана, Хілла тощо.
При виборі методу декальцинації враховують мету дослідження. Так як різні реактиви по різному взаємодіють із речовинами матеріалу. При декальцинації об’єкт набуває м’якої консистенції, що і перевіряють надрізом або проколом. Після декальцинації шматочки необхідно добре відмити від суміші, в якій проводилась декальцинація.
Перед ущільненням матеріалу проводять дегідратацію або зневоднення. Зневоднення здійснюється етанолом зростаючої концентрації. Користуються етанолами 50-, 70-, 80-, 90-, 96%-м та абсолютним. Використовують так звану «батарею». Це декілька посудин, що містять різні етаноли і в які почергово занурюють шматочки. При перекладанні шматочків із етанолу однієї концентрації в іншу користуються фільтрувальним папером, у цьому разі надлишок етанолу видаляється.