У даний час згідно з чинною настановою, застосовують 4 методи утилізації трупів:
- переробка на ветеринарно-санітарних утильзаводах, це найбільш безпечний у медико-санітарному плані й ефективний спосіб знищення трупів. Розроблено умови збирання сировини тваринного походження для переробки на заводах із виробництва м’ясо-кісткового борошна. За кожним заводом закріплена своя територія.
- спалювання у спалювальних печах та ямах. У польових умовах трупи тварин спалюють у спеціально виритих ямах із природною тягою. Для спалювання трупів великих тварин викопують навхрест дві траншеї довжиною 2,6 м, шириною 0,6 м та глибиною 0,5 м. У центрі траншею перекривають рейками або дерев’яним брусом, на них кладуть труп, обкладають його дровами, обливають горючою рідиною та підпалюють. За іншим методом спалювання трупів – в один ров накладають шар сухої соломи, сухі дрова, другий залишають вільним (для створення протягів), труп розміщують упродовж першого рову. Коли дрова розгоряться, у трупі роблять отвори для виходу газів. Під час спалювання стежать за тим, щоб не було здуття трупу. При потребі труп проколюють у кількох місцях.
- знезараження в біотермічних ямах. Це споруди типу колодязя глибиною 9 – 10 м округлої чи квадратної форми. Стіни ями обкладають деревом, цеглою або укріплюють залізобетоном. Трупи, трупний матеріал опускають у камеру, і там вони піддаються розкладанню, через 20 діб температура в камері підвищується до 65-700С, що виникає в результаті активної життєдіяльності термофільних бактерій. У результаті біотермічної обробки трупи знезаражуються, а однорідний компост, що утримується в камері, може бути використаний як добриво для ґрунту. Біотермічні ями дозволяється споруджувати не менше ніж за 0,5 км від тваринницьких приміщень.
- захоронення на скотомогильниках. Трупи закопують у ями глибиною не менше 2 м. При наявності заразного захворювання шкіру з трупа не знімають. Перед тим, як закопати труп, верхній шар землі на місці проведеного патолого-анатомічного розтину зрізають лопатою на глибину 20-30 см і скидають на дно ями. Після того, як труп закопано, землю, де лежав труп, дезінфікують: посипають хлорним вапняком у чистому вигляді або поливають 5 – 10%-вим розчином.
При транспортуванні трупів необхідно запобігати засмічуванню грунту різними виділеннями з природних отворів (рекомендується затикати природні отвори трупу ганчіркою або куском вати, змоченими в розчині лізолу), ран та інше. Для транспортування використовуються спеціальні возики, які оббиті зсередини оцинкованим залізом, або пристосовані автомашини. Возики та автомашини після використання дезінфікують.