Перед розтином трупа лікар ветеринарної медицини проводить реєстрацію трупа тварини і збирає докладний анамнез, дані історії хвороби. Встановлюють, звідки поступив труп, вид, породу, вік, кличку чи реєстраційний номер, кому належить тварина, умови утримання, годівлі та експлуатації у господарстві. З’ясовують епізоотичний стан у господарстві та клінічні дані, коли захворіла тварина, ознаки захворювання, чи лікували хвору тварину, коли була остання годівля, симптоми хвороби, що підозрюється. При розтині трупів новонароджених тварин уточнюють утримання, годівлю та експлуатацію тільних корів і корів-матерів. Усе це дозволяє в процесі розтину виявити головні зміни, тобто виявити хворобу і причини її виникнення.
Розтин та дезінфекцію проводять у гумових рукавичках. Необхідно стежити, щоб заразний матеріал не потрапив на обличчя, шию, халат та оточуючі предмети.
Розтин трупів тварин проводять в спеціально обладнаних приміщеннях або на скотомогильниках. Обладнують секційні приміщення при державних лабораторіях ветеринарної медицини, лікувальних закладах, цехах і заводах по виробництву м’ясо-кісткового борошна. Забороняється проводити розтин трупів у тваринницьких приміщеннях, на пасовищах та в інших місцях скупчення тварин. Приміщення для розтину трупів повинні бути просторими, теплими та світлими, мати водопровід з гарячою та холодною водою і каналізацію, легко вентилюватися. Стіни та стелю покривають водонепроникним матеріалом, що легко миється (масляна фарба та ін.). Підлогу вистеляють асфальтом або цементом. Роблять необхідний схил для стікання води і спеціальний резервуар для знезараження її хлорним вапном тощо. У залі для розтину встановлюють секційні столи. Оцинковані столи повинні мати бортики, а в центрі отвір (для стікання рідини), що з’єднують із деззбірником. Розтин дрібних тварин проводять на столах із металу та каменю, що дає можливість підвести до них крани з водою для обмивання органів. У залі повинні бути умивальник, гумові шланги, аптечка, столик для інструментів та реактивів, столик для ведення протоколів розтину та інших записів, шафи для зберігання інструментів, реактивів, посуду, спецодягу. Крім секційного приміщення також повинні бути душова, туалет, матеріальна кімната для зберігання деззасобів, спецодягу та інших підсобних матеріалів. Після розтину проводять дезінфекцію столів та секційного приміщення, для цього використовують хлорний та негашений вапняк, формалін, лізол, креолін, карболову кислоту та інші дезінфікуючі засоби.